В веб интерфейсе не могу найти где вообще задаються порты для ownCloud
OwnCloud ни на каком порту не работает, он просто обеспечивает взаимодействие с веб сервером.
А уж на каком порту у вас работает веб сервер это у вас надо спросить, смотрите в настройках вашего веб сервера, там же его и поменять можно.
Как правило работает на стандартных портах 80 и 443.