создать примерно такую структуру
/
public_html/
css/
source/
sass/
В настройках ftp подключения указываем маппинг папки public_html на корень вашего удаленного сервера.
Указываем следующие настройки
и радуемся. Теперь при любом изменении файлов в public_html они будут загружаться на удаленый ftp-сервер