Можно сразу хранить в базе.
Ну а че:
1) Изменение запроса не требует правки кода, даже ваш начальник это сможет!
2) Читабельный код: каким бы длинным не был ваш запрос, он легко заменятся простым селектом!
3) Легкий способ выгрузить все имеющиеся запросы в PDF(для издательства, например).
