Это, конечно, некропостинг, но отвечу, т.к. сам искал такое:
Единтственное универсальное решение — использовать HTML внутри Markdown, т.е.
[Link](http://example.com)
заменить на
<a href="http://example.com" target="_blank">Link</a>
Но для некоторых движков, в частности для Wiki.js, работает вот такая конструкция:
[Link](http://example.com){target="_blank"}