Никаких проблем. С несколькими ORACLE_HOME на одном хосте нет. Доступ к БД по beq будет осуществляться по переменным среды. Listener запускайте от более нового инстанса. Скорее всего он будет слушать обе БД (если версия бд равна или больше версии второй бд на 1, то есть 11 слушает 11g и 10g но не 9i). На ответ выше не обращайте внимания, с портами никак не связано.
пример задания переменных, для нескольких БД: правда в linux:
первая БД:
export ORACLE_BASE=/u01/app/oracle
export ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/product/11.2.0/db_1
export ORACLE_SID=SID1
вторая БД:
export ORACLE_BASE=/u01/app/oracle
export ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/product/11.2.0/db_2
export ORACLE_SID=SID2
Для виндовс то же самое но export на set замените. А вообще доступ по beq не так часто нужен. А при доступе по сети создайте 2 tns алиеса с разными sid.