array_filter из глобального неймспейса. Она понятия не имеет, где ее вызывают, тем более, какие из неймспейсов подключены через use, посему - нет.
По хорошему передача функции по имени - не самая лучшая идея, ошибки вы обнаружите уже в момент выполнения.
Лучше писать примерно так:
return array_filter(
$classes,
function ($value) {
return Roots\Sage\Utils\is_element_empty($value);
}
);
Конкретно случай is_element_empty не имеет смысла так как array_filter это делает по умолчанию. Кроме того вы жестко нарушаете PSR, что тоже очень плохо.