В изучении никакой разницы нет, дополнительные библиотеки (Boost, Qt, etc ...) тебе вряд ли на этом этапе понадобятся, стандартных хватит с головой. На каждой ОС для работы с потоками/процессорами будешь юзать соответсвующее айпи: для windows из process.h, для *nix из pthread.h и т.д. Так что разницы нет, если планируешь в будущем программировать на какой-то определенной ОС, то выбирай ее для экспериментов
conio.hIt is not part of the C standard library or ISO C, nor is it defined by POSIX.