С помощью jQuery вещаем обработчик клика на элементы .content > sup, далее выдергиваем оттуда контент, далее в .note_box ищем тег strong с контентом элемента по которому кликнули, и если элемент найден, то делаем плавную прокрутку к этому элементу. Писал на коленке, нужно проверить работоспособность кода
jQuery('body').on('click','.content > sup',function(){
var marker=jQuery(this).text();
var element=jQuery('.note_box strong:contains("'+marker+'")');
if (element.length != 0) {
jQuery('html, body').animate({scrollTop:element.offset().top }, 500);
}
});