Во первых зачем 2 gameloop? Во вторых лучше использовать setTimeout, вместо setInterval.
У тебя 2 setInterval как я понимаю один на pvp и один на pve режим, так вот во время этих переключений не забывай очищать текщий setInterval, всего скорее из - за этого и происходит это ускорение!!!
Пример
var gameLoop = setInterval(func,1000/60);
clearInterval(gameLoop);//и clearTimeout(variable) для setTimeout
Ну а вообще сделай один gameloop!