Скрипт (php) запускается каждые 5 минут через крон, но крон может запускаться в промежутке от 290 секунды до 310, то есть с погрешностью. Необходимо исключить повторный запуск скрипта, один из вариантов это остановить запущенный скрипт и запустить его заново. Что посоветуете?
Если я правильно вас понял, то нужно хранить его состояние и смотреть - запущен ли он сейчас. Если да, то прекращение работы, иначе выполнение и обновление текущего состояния.
XenK: при запуске скрипта проверяйте есть ли файлик script.lock, если есть - то делаем die; в скрипте, если нет - то создаем этот файлик, скрипт выполняет свою работу и по завершению удаляет файлик script.lock.