Тебе не нужно знать и думать , и даже читать код фреймворков. Всё что нужно знать - это как их использовать (то есть их API).
Классический пример,
Есть блок питания от компьютера. Всё что тебе нужно знать о нём - это сколько ват, и как его подключить к материнской плате. Тебе не нужно знать, что там внутри, как это всё работает, какие законы физики/электростатики там применяются. Ты - пользователь, а не завод.
Точно так же с фреймворками. Не нужно вообще смотреть и заморачится на то что внутри. Открывай документацию и смотри какие методы API имеются и как их вызывать.
И да, нет такого понятия как "чистый PHP" и фреймворк. На самом деле, когда говорят так, подразумевают что они пишут на PHP используя компоненты/утилиты фреймворка.