Большое количество папок грозит беспорядком на рабочем столе. Лучше ненужные бумаги сразу выкидывать.
А вот в случае с поддиректориями нужно иметь в виду, что чем больше количество поддиректорий, тем дольше будет выполняться поиск. Но если ничего там искать не надо будет, а имя директории берется из БД, то наплевать.
Стоит переписать.
Быстродействие на современных файловых системах практически не пострадает, но будут проблемы примеру при заходе в директорию с новостями по фтп.