У вас где-то ошибка. Я только, что попробывал:
<dependency>
<groupId>javax.servlet</groupId>
<artifactId>jstl</artifactId>
<version>1.2</version>
</dependency>
и
<dependency>
<groupId>javax.servlet</groupId>
<artifactId>jstl</artifactId>
<version>1.2</version>
<scope>provided</scope>
</dependency>
для
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
<version>2.1.1</version>
<configuration>
<failOnMissingWebXml>false</failOnMissingWebXml>
</configuration>
</plugin>
В первом случае получил jstl-1.2.jar в .war архиве, во втором — нет.
Может быть вы забыли вызвать mvn clean?
Или ваша библиотека входит в транзитивных зависимостях (хотя тогда, конечно, она должна и в jar входить)