Для питона есть замечтельный тул - autopep8. Который берет код и выравнивает его в соответствии со стандартами кодирования в pre-commit хуке - код стал гораздо чище.
А какие есть подобные программы для js, htmla, jsona, yamla?
А вообще хотелось бы весчь, которую просто натравливаешь на папку проекта, а та в зависмости от типа файла приводит его к читаемому виду. Во время гуглинга нашел только atom-beautify - плагин для атома, но это для атома, а не терминала.