В унаследованном проекте делаем так: те запросы, которые имеют общий характер, например получение списка пользователей или подразделений, выносим в некоторый AbstractJsonController, остальное делаем только там, где это нужно.
Но, если бы я делал проект с нуля, выделил бы под каждую сущность отдельный контроллер.