Вариантов на самом деле не много:
1) консоль через ssh
2) любая другая локальная веб-морда с доступом по паролю (сам использую adminer.org). Но аудит безопасности никакой из них не проводили, поэтому для вас они все "дырявые".
3) те же веб морды, только перед ними HTTP аутентификация. Всё ещё дыряво? Тогда
4) веб-морды с предварительной аутентификацией по HTTP + список ip
5) удалённый доступ к серверу mysql через какой-нибудь клиент. "Но вдруг он сливает мои пароли?" - предвижу ваш вопрос я, тогда вам
6) удалённый доступ к мускулу + список ip в iptables для коннекта на порт. Меняется ip?
7) Аутентификация по ключам в mysql сервере?