Для начала вам нужно получить трансформ Canvas. Сделать это можно двумя способами (на самом деле больше, но тут основные): 1) Повесить тег на Canvas, и потом использовать FindGameObjectWithTag. 2) Сделать в классе, где будет вызываться Instantiate поле Transform для Canvas, и либо при старте сделать первым способом, либо вручную перетащить Canvas в Unity в это поле.
Потом после Instantiate у созданного объекта (назовем его go) делаем go.transform.SetParent(*трансформ нашего canvas*)