Все что можно, следует править в конфигурационном файле (_variables.[less|scss]). Только не в оригинальном, а в копии, подключенной перед оригиналом.
То что нельзя поправить в настройках - переопределять в конце стилей.
(Я предполагаю, что вы используете bootstrap в экосистеме bower с препроцессором)
Если вы не используете пакетный менеджер и/или храните стили бутстрапа в репе (в общем, по старинке, работаете как в каменном веке=) ), и не планируете обновлять его версию, то вполне можно править сам исходник.