Проблема решена.
Нужно было прописать @charset "utf-8"; в начале именно того файла scss, в котором присутствует кириллица.
Не подумал об этом сразу, т.к. указание кодировки в конечном файле присутствовало. Но собирались файлы при этом с неверной кодировкой.