Все очень просто. Нужно установить и настроить локальные веб-серверы на обеих системах Линукс и виндоуз(LAMP и Денвер соответственно), файлами пользоваться через (Dropbox, яндекс диск и тд.) флешку выбросить за ненадобностью. Далее NotPad+ для windows, а дома Bluefish (для Линукс) для редактирования кода.
Порядок работы такой. Пишешь код, сохраняешь в корне локального сервера, запускаешь (кликаешь) и видишь результат в любом браузере. Ляпота.