Здесь не нужна таблица Assistants, а нужно просто правильно настроить ассоциации:
User.rb
has_many :assistants, class_name: 'User', foreign_key: 'main_id', primary_key: 'id'
belongs_to :main, class_name: 'User'
Ну и в Users нужно добавить колонку main_id, в которой для ассистентов будет указываться id'шник главного пользователя. У главного пользователя в этой колонке будет nil.