Для файлов, которые работают на сервере вообще нет необходимости транслировать их в js вручную, node.js сам умеет это делать. Нужно только сделать для запуска приложения примерно такой файл:
#!/usr/bin/env node
CoffeeScript = require("coffee-script");
CoffeeScript.register();
create_app = require("../app/application");
app = create_app();
app.listen(5000);
console.log("Application running on http://localhost:5000/");
console.log("(" + process.env.NODE_ENV + " mode)");
где ../app/application - это application.coffee, далее можно работать в кофе файлах также как js, при подключении модулей расширение .coffee не нужно указывать