Гиф может иметь только 2 градации прозрачности, или прозрачно или нет.
Анимировать можно в чем угодно, хоть в 3Д максе хоть в фотошопе. Выбирайте на вкус.
Чтобы гифка была плавная нужно сделать 2 вещи:
1) Добавить моушн блюр небольшой.
2) Собрать как написано вот тут:
Как и в какой программе создать плавную gif-анимацию?