У вас, ещё и Header guard, небось, есть? Или #pragma once?
Изучите как работает препроцессор и что они делает, когда встречает директиву #include.
По вашей проблеме:
Func.cpp подключает Func.h (определяется охранник FUNC_H /какой точно у вас - я не знаю/, теперь файл повторно не включится), тот, в свою очередь, подключает Main.h (MAIN_H), Main.h подключает Func.h, но охранник уже есть, поэтому игнорируется. Из текста ошибки следует, что не смог подключиться Main.h, т.к. был определён охранник MAIN_H, попробую возомнить себя телепатом, но, скорее всего, в Func.cpp у вас сначала инклудится Main.h, а потом Func.h, что и приводит к такому поведению.
Собственно, вам уже должно стать понятно, что без листингов этих файлов делать заключение очень проблемно. Ровно как и оказать посильную помощь.
А вообще, золотое правило: избегайте cross-reference заголовочных файлов. Подключайте нужные только в единицы трансляции. Используйте forward-declaration где нужно. Скрывайте детали реализации через PIMPL (гугл в помощь).
