В данный момент разница не столь велика, груьо говоря выучив node,js можно легко перейти на io.js, но наоборот чуточку сложнее, так как io.js уже имеет некоторые фишки.
Причина банальная, node.js управляется коммерческой компанией, политика разработки которой в последнее время до форка стала не устраивать достаточно крупную часть сообщества node,js, а так же многих основных разработчиков. вот и появился форк, который стал сразу же делать все последний можные фишки, у программеров уже давно руки сильно чесались.
Насчет смерти node.js, пока сложно сказать, в продашене в данный момент больще node, более того многие любят что это под эгидой коммерческой организации, но io.js очень стремительно развивается, и многие технари выбирают его для своих проектов.
Лично я бы выбрал io.js, я люблю все на острие ножа технологического стека. Кстати ведутся дискуссии вокруг слияния node.js и io.js
https://github.com/iojs/io.js/issues/978 
