Вы же сами пишете «при explain сама выборка не производится» и в то же самое время хотите получить результат, который может получится _только_ при выборке из БД. Вам не кажется это, как бы сказать, абсурдным?
Вообще, если предположим, что explain select сделает-таки выборку, то однозначно, что если кроме показа результатов выборки он еще и будет разрисовывать то, как выполняется запрос — то для этого надо дополнительное время. А значит, это будет выполняться дольше, чем простой select.