Я думаю проблем не будет, еслине указан како-либо xhtml или что-то еще хитрое. а так если верстка в стиле html5:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Blah blah</title>
</head>
<body>
<p>Страница на HTML5</p>
</body>
</html>
Проблем бытьне должно, хотя про морально устаревшие не буду утверждать, возможно для них таки нужно делать условия в хедере.
Вот кстати обсуждение вопроса на стаковерфлоу:
stackoverflow.com/questions/21058207/why-does-code...
UPD вопрос кстати интересный, слегка потестировал в firefox, на одном из сайтов где нет практически оптимизации и линкуется много css , если после закрытия html размещать, то немного медленнее(процентов на 10). Тест грязный, так как по хорошему нужно было бы и сервак перезапускать и тд. Но все же. Зато есть один плюс, заметил что при отрисовке страницы, нет такого как бы эффекта подвисания браузера , те хоть сама загрузка происходит медленнее, бразер работает более спокойно. Интересно какая ситуация в хроме и вебките, там кстати немного иначе парсер работает, как раз и в плане подключения css. в общем вопрос интересный, требует изучения, думаю для части сайтов это может оказаться выгодным решением, особенно где тяжелые страницы.