Смотря что вы подразумеваете под объединением:
1. Можно создать файл с двумя видео-дорожками, по аналогии с audio, но не все форматы контейнеров это умеют
2. Можно склеить файлы
Для второго варианта всё просто:
https://trac.ffmpeg.org/wiki/Concatenate
В случае различных параметров видео, тут нужно смотреть на возможности контейнера. MPEG-TS такое позволяет. Но его и "склеивать" можно простым cat.