Они не на замену, а на помощь. При чем есть разные подходы - есть обертки, которые упрощают взаимодействие но замедляют работу (jQuery), есть другой подход, когда используется виртуальный DOM и модификации реального DOM сводятся к минимуму (ReactJS, Polymer 0.8+).
Часто использую jQuery, но так как он даже с патчами не идеально работает с теневыми деревьями приходится и вручную по DOM лазить. Но понимать как оно работает нужно в любом случае, что с фреймворками/библиотеками, что без.
