Это разные вещи для разных задач
Handlebars это js-шаблонизатор для рендеринга на клиенте. Например, пришел с сервера json - магия - отрисовалась плитка товаров.
Jade - препроцессор для html.
Я верстаю в jade, это дико удобно и быстро. Инклюзи, циклы, миксины...
При этом для дальнейшего натягивания верстки на движок отдаю скомпиленный html