индекс по сути вам эту уникальную базу и должен дать :) если место не критично, индекс и не парьтесь.
а ну и не забываем что индекс ограничит скорость вставки
На сколько я помню для того, чтоб это обойти (по моему это для мускля был хак) : можно его убивать, потом заливать данные, а потом заново строить индекс. (это типа для bulk update кейса)