Прямо в /etc/init.d/php5-fpm? Два вопроса:
Он не затрется при обновлении?
Как я понимаю, он выполняется от пользователя, вызывающего его, т.е. если я там напишу «umask что-то», то это применится скорее ко мне, чем к www-someone.
вы из rpm-ки устанавливали php-fpm? Тогда затрётся, но как правило, автоматом создаётся копия (rpm-save).
насчет второго вопроса — по-моему, мастер-процесс таки работает от имени пользователя, запустившего его, этого может хватить. Попробуйте, нам расскажете, помогло ли.