Для Flask однозначно Jinja2 - это шаблонизатор по умолчанию, это стандарт де факто и он очень удобный.
Не ясно откуда ты хочешь рендерить шаблоны. Если не из фласка, то тебе фласк и не нужен, достаточно установить jinja2. Если например из Джанги, то лучше стандартный Джанговский шаблонизатор.