Два варианта обработки PHP кода:
1) eval() - жестокий хардкор! Я думаю, даже не стоит это рассматривать.
2) Отправка кода на сервер и выполнение его там с получением результата.
И теперь вопрос по второму пункту: 1) Как обработать данные на сервере? Я возможно не правильно понимаю, что значит "обработать на сервере", в процессе ответов, буду корректировать вопрос. 2) С какими "подводными камнями" можно столкнуться? Например, зацикливание.
PS: что же я собираюсь сделать: Получить код от пользователя, выполнить его, получить результат.