Всё-таки, нужно сравнить разные VM или протестировать скорость виртуализированного сервера относительно реального железа?
Так или иначе, я бы всё-таки посоветовал протестировать базовые характеристики виртуализированного железа — производительность процессора, проседание дисковых и сетевых IOPSов, оверхед памяти — на основе этого и строится производительность разных сервисов — в том числе apache, php и mysql.