1. Сделать батник с необходимой командой(набором команд), положить его в System32.
2. Прописать имя батника в ключе реестра: HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager\BootExecute Первую строку ключа не трогать.
3. Не забыть удалить после запуска, либо самоликвидироваться при первом запуске =)
4. PROFIT!
Так никакие команды не выполнятся. В BootExecute запускаются только native-приложения. Команды-то кто будет исполнять, думаете cmd.exe? А он в этом режиме не запустится, так как не native, а win32 приложение.
Всё верно, понадобится шелл, написанный в виде native-приложения. Обычные Windows-программы через BootExecute запустить не получится, за исключением autochk.exe, autofmt.exe и очень небольшого числа других.