Если я не ошибаюсь, практически любые DDL операции с myisam у mysql — это почти полное копирование, т.е. создается временная таблица, туда переливаются данные, после этого удаляются старые и переименовываются созданные.
Значит проблем не должно быть.
p.s. бакап/восстановление myisam таблиц возможен просто в виде файлов самих таблиц (скопируй всю папку /var/lib/mysql/база_данных )