1. В приложении перекидываете запросы на слейв.
2. Перезагружаете мастер.
3. Переводите слейв в рид-онли.
4. Копируете всю БД со слейва на мастер (файлами, дампами будет дольше). Чтобы этот этап проходил быстро (да и вообще чтобы всё быстрее крутилось), помогает держать на мастере БД в ОЗУ, у меня при этом 7 Гб с реплики копируются буквально пару секунд.
5. Делаете ресет мастера, запоминаете лог и позицию.
6. В приложении перекидываете запросы на мастер.
7. Делаете ресет слейва, заново включаете репликацию с запомненными на 5-м шаге параметрами, снимаете рид-онли.
Схема рабочая, довольно часто приходится применять, помогает заранее заскриптовать, чтобы не терять время на ввод команд. Простой возникает только на шаге 4 и обычно ограничивается несколькими секундами. Можно, конечно, запилить мульти-мастер, но, насколько я понимаю, обязательно возникнут вопросы проверки консистентности данных, да и только ради возможности перезагрузить мастер, мне кажется, не стоит городить огород.