Ваша цель достижима двумя способами:
Первый позволит Вам писать, так как вы заказывали:
var a = {};
console.log(a.document);
но имейте в виду он опасен. Дело в том, что вы не можете просто так определить window, как прототип для Object - вы получите циклическое наследование - window является объектом типа Object, Object является объектом типа Window. JS просто не позволит Вам такое сделать, поэтому для начала затрем window память о том, что он(а/о) объект
window.__proto__.__proto__.__proto__ = null;
ну и теперь правильно присвоим прототип объекту, будем перезаписывать его null прототип:
Object.prototype.__proto__.__proto__ = window;
Общий рецепт:
window.__proto__.__proto__.__proto__ = null;
Object.prototype.__proto__.__proto__ = window;
var a = {};
console.log(a.document);
НО! Я бы не рекомендовал вам творить подобное, это очень опасно.
Второй вариант короче, безопаснее, но может вам не подойти:
var a = {__proto__: window};
console.log(a.document);
Остается только понять зачем вам вообще такое понадобилось, возможно есть куда более надежные способы решения проблемы.