Задать вопрос
@cthulhudx
базы-данных

Секвенированные геномы. Откуда достать?

Скажите пожалуйста, есть ли базы геномов + исходных ридов. Пишу(для себя) геномный ассемблер, и мне нужно на чем-то проверять его работоспособность.
  • Вопрос задан
  • 3209 просмотров
Комментировать
Подписаться 1 Оценить Комментировать
Решения вопроса 3
@vilgeforce
Раздолбай и программист
www.ncbi.nlm.nih.gov/genome - оно? Если да - проверяйте настройки гугла, ибо это первый результат по запросу "genome database"
Ответ написан
Комментировать
Комментировать
amark
@amark
rush less, feel more
www.ncbi.nlm.nih.gov
ncbi + подразделы
Ответ написан
Комментировать
Комментировать
mr_more_distortion
@mr_more_distortion
Мол.биолог/иммунолог/биоинформатик(учусь)
ftp://ftp.ensembl.org/pub/

Выбираешь любой релиз и папочку FASTA. А смотря какой геном нужен. Если нужны риды (формат *.fastq) - искать в публикациях по таким темам, это в NCBI. Если какие-то собранные/недособранные геномы - это в ensembl всё есть.
Ответ написан
Комментировать
Комментировать
Пригласить эксперта
Ваш ответ на вопрос

Войдите, чтобы написать ответ

Похожие вопросы
Вакансии с Хабр Карьеры
Администратор баз данных PostgreSQL
HR Prime • Москва
от 260 000 до 350 000 ₽
Дежурный администратор баз данных (MSSQL DBA)
Автомакон • Москва
от 200 000 до 300 000 ₽
Team Lead — Платформа данных и аналитики
Small • Алматы
от 5 000 до 6 000 $
Ещё вакансии