1. Генерить разные точки входа(сценарии) на RequireJS и сжимать их с R.js (вместо всяких concat)
<script data-main="user-super-type" src="lib/require.js"></script>
или
<script data-main="user-normal-type" src="lib/require.js"></script>
2.Если все модули весят, например 100кб , а случай, когда есть всего 3 модуля будет весить примерно 50кб, лучше сжать всё в один файл и оставить кэшу браузера.
Возможны другие велосипеды, но я их не использовал