Есть ли возможность использую PHP и его модулей, таких как ImageMagick достать из PDF файла все картинки?
Трансформацию, которая может применятся в PDF учитывать не обязательно.
Про утилиту pdfimages я знаю, необходимо решение из PHP
Там код, который пользуются API biclim.com, чтобы извлечь картинки. Попробуйте эту, она ведёт сразу на проект: www.biclim.com/clients/extractImageFromPdf_Java.zip
Или используйте Proxy. Сайт у меня работает вполне нормально.