Я так понимаю на Mac OS симлинками ресурсы встроенного питона, каким-то умным образом линкуются, итд. Зря я пытался что-то лишнее делать с питоном который на маке как зависимость OS X. Совет всем, не удаляйте и не модифицируйте установленный на мак питон. Переустановил систему, все заработало, он восстановил симлинки, конфигурацию пакетов итд. Если через brew ставили, brew reinstall python - возможно поможет. Но лучше использовать virtualenv и враппер для него.