Авторы этого пака пишут:
On restart, if most of the icons have not changed but you installed all of the items in the "System Files" section, you need to rebuild the icon cache. To do this, I have included a small tool. You can run it by going to Start -> All Programs -> FlyakiteOSX -> Rebuild Icon Cache.
Т.е. они даже специальную тулзу поставляют в комплекте, чтобы обновить иконки, которые могут не поменяться из-за системного кеша. Возможно, обратный процесс также с этой тулзой можно произвести.
Еще советуют попробовать "Восстановление системы". Говорят, помогает. Если конечно есть точки восстановления...
