иногда выскакивает, просто пробуйте несколько раз подряд с небольшим интервалом. Проблема в том, что файл может быть занят другим процессом, надо лишь подождать секунду и попробовать снова
Скорее всего вы запускаете sublime text 3 от обычного пользователя, которому не даны права на запись в данную папку.
Запускайте от Администратора или дайте права текущему пользователю на запись.
Или сохраняйте в другое место, на другой диск.
Arti Markelov: хм... странно. сам не пользуюсь sublime text. может вам стоит написать Issue разработчикам на гитхаб или где они размещаются. Другую сборку-версию попробуйте. Может конечно какой из плагинов приводит к ошибке. Надо смотреть логи краша.