Как вариант:
var text = [];
for(var i = 0; i < 5; i++)
text.push("Привет, мир");
document.write(text.join("<br>"));
Каждая строка будет в отдельном элементе массива.
P.S. Никогда не используйте eval.
Как тогда на счат такой конструкции:
var code = 'for (var i = 0; i < 5; i++) { document.write("Привет, мир" + "<br>"); }';
var func = new Function('document', code);
var iframe = document.createElement("iframe");
document.body.appendChild(iframe);
func(iframe.contentWindow.document);
var inner = iframe.contentWindow.document.body.innerHTML;
Переменная inner как раз и будет вашим результатом.