wait_timeout=20
timeout_connect=20
Но для одного из скриптов требуется, чтобы это значение было значительно большим. Можно ли установить его при вызове mysql_connect из php.
Как другой вариант рассматриваю mysql_pconnect, но пока непонятно как закрыть сессию после завершения работы скрипта.