Проблема заключается в том, что библиотека FANN, а следовательно и сам код, описанный здесь, не работает на 64x системах. В чем же проблема, может это оболочка для .NETа кривая? На офф форуме мне ответа не дали
Вероятнее всего, что врапер компилируется под Win32 (по крайней мере такие настройки я увидел в файле проекта). Попробуйте настроить на компиляцию для x64 или AnyCPU.