Событие 'клик по кнопке закрытия окна' по умолчанию закрывает окно, но не убивает main event-loop, запущенный выражением 'app.exec_()'.
Event-loop QApplication обычно останавливается сам, когда последнее открытое окно закрывается.
Но это имеет отношение только к окнам без родителя и с флагом Qt.WA_QuitOnClose.
pyqt.sourceforge.net/Docs/PyQt4/qapplication.html#...
Возможно этот флаг не выставлен у BugWindow.
Вы можете добавить этот флаг к виджету BugWindow:
bug_window.setWindowFlags(bug_window.windowFlags() | QtCore.Qt.WA_QuitOnClose)
Или связать событие 'окно закрылось' с остановкой/убиванием event-loop:
class BugWindow(...):
def __init__(...):
self.closed.connect(QtCore.QCoreApplication.instance().quit)
zetcode.com/gui/pyqt4/firstprograms