в случае с phonegap из коробки у вас нет доступа к файловой системе. У вас есть по сути только два варианта:
1) если у вас есть поддержка Android < 4.0 то только
https://github.com/apache/cordova-plugin-file-transfer
2) Если можно только Android 4.0+ то плагин File, а в JS создаете блобы, запихиваете это дело в FormData и отправляете сервисом $http. Примеры в сети есть. Могу чуть позже свой сервис-обертку для $http под себя выложить на gist.
Так же рекомендую посмотреть на модуль ngCordova.